《火影忍者》手游采用了动漫的情节作为游戏的背景，力争让大家在游戏中，体验到原汁原味的动漫剧情。在一个忍者的世界，故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，在火影的修炼道路上，漩涡鸣人认识了宇智波佐助、春野樱等伙伴，并与他的好伙伴一起，与忍者世界的各种邪恶势力作斗争，并粉碎这些邪恶的阴谋。玩家可扮演漩涡鸣人、宇智波佐助、春野樱等忍者，去保护这个忍者世界。